無論《安妮日記》是被視為對大屠殺事件的提醒，還是作為一個嶄露頭角的文學天才的傑出作品，安妮日記背後的許多故事，充滿了爭議。
在她的日記中，安妮記錄了從她1929年在德國出生，到希特勒上台後，她的家人搬到阿姆斯特丹的細節。
在安妮躲藏的兩年多時間裡，她在日記中寫下了她最私人的想法。作為一個充滿夢想的少女，她的聲音讓讀者與她產生了共鳴。而安妮的名言至今仍被人傳頌，不過她日記所有權也不斷導致版權方面的法律糾紛。許多基金會無法就如何最好地繼承安妮的遺產，達成一致意見。
安妮日記實際上有三個版本
安妮開始寫日記，作為一種應對自己現在處境的方式，並利用這個空間來分享自己的想法，而且不需要擔心受到評判。她指出：“我的日記，和我與朋友們分享的秘密，與我的家族無關。”
她在一本紅綠格子的日記本上寫日記，而這是她13歲生日時收到的禮物。寫滿後，她繼續寫在其他筆記本上。大約在1944年，這家人聽到了一個電台廣播，廣播要求市民記錄戰爭期間發生的事情。於是安妮決定把她的日記寫成一本小說，叫做《秘密附件》。然後，她開始用一本新筆記本，對之前的日記進行重寫和編輯，以便印刷。
安妮在這本新書中，寫了324頁，直到納粹發現了躲藏的這家人。當奧托·弗蘭克在戰後得到這些日記時，他想滿足自己女兒的願望，於是決定將這些日記出版。不過他二次編輯了一些安妮的話，還刪去了幾處提到性、青春期和可能損害家族聲譽的文字。
1947年出版的書數量有限。後來又出了幾個版本，直到現在有三個版本，包括安妮的原著，安妮的工作副本，以及奧托出版的書。
奧托·弗蘭克從日記中刪去了五頁
1998年，安妮·弗蘭克中心（Anne Frank Center）的主任科內裡斯·蘇雅克（Cornelis Suijk）拿出了五頁紙，聲稱這是奧托·弗蘭克從安妮出版的日記中，遺漏的部分。奧托在去世前，把它們交給蘇雅克保管。
這幾頁可能被刪掉了，因為安妮用它們來表達她對父母關係的憤怒。蘇雅克把書借給了作家Melissa Muller，當時她正在為安妮·弗蘭克寫傳記。然而，她後來被告知，她不能直接引用日記，因為這違反了版權法。
這幾頁還引發了兩家機構之間的衝突：一家是總部設在瑞士的安妮·弗蘭克基金會（Anne Frank Fonds），該基金會擁有這本書的版權。另一家是荷蘭國家戰爭文獻研究所（Netherlands State Institute for War Documentation），奧托將日記的保管權交給了後者。安妮·弗蘭克基金會聲稱蘇雅克的行為是非法的。反過來，蘇雅克指責基金會從安妮身上獲利，卻沒有將這筆錢分享給其他與安妮·弗蘭克有關的事業。
此外，安妮·弗蘭克家族與安妮之家（Anne Frank House）也有衝突，後者是弗蘭克一家藏身之處的博物館。安妮·弗蘭克基金會對安妮·弗蘭克之家採取了法律行動，要求歸還借出的信件，和其他文件。最終基金會打贏了這場官司。
該書的歐洲版權，限制了讀者的閱讀
根據歐洲的版權法，在作者去世70年後，作品才會進入公有領域。因此安妮日記原定於2016年進入公有領域。然而，擁有版權的非營利組織安妮·弗蘭克基金會聲稱，奧托·弗蘭克對手稿進行了重大編輯，所以他實際上創作了一本新書，可以被稱為合著者。自從1980年奧托去世後，這個法律漏洞允許他們將歐洲的版權延長到2050年。
基金會聲稱，他們延長了版權期限，以確保這本書不會成為商品，而被商業利用。然而，由於圖書銷售的收入，都捐給了幾個兒童慈善機構，一些人認為，基金會主要是想從保留版權中獲得這些錢。
還有人擔心，這本書的讀者數量有限，因為它只在商業上出售。另一些人則認為，如果安妮是作者之一，那就意味著這一頁上的文字和思想，不僅僅是她一個人的。
安妮的博物館和傳記作者，都不允許使用她的原話
對日記版權的控制，規定了其他人可以使用多少安妮的原文字。阿姆斯特丹的安妮之家（Anne Frank House）的歷史學家和成員擔心，由於版權訴訟的可能性，博物館的參觀者，只能以有限的方式紀念安妮。一位歷史學家把這個論點總結為：“它屬於公共領域。因為這是我們集體記憶和遺產的一部分。”
一位安妮·弗蘭克的傳記作者，被禁止使用安妮日記中的原話，因為她沒有得到許可。此外，至少有兩部改編自日記的劇本，被禁止直接引用。
安妮寫了她的身體和月經，但那是她父親編輯的
當安妮的父親把她的日記編輯成書時，他省略了多次提到性、女性解剖學和月經的內容。不知道為什麼奧托·弗蘭克把這些片段剪掉了，但通過這些缺失的段落，讀者可以看到，安妮是一個更有人情味的少女。
安妮通過探索自己的身體，學習解剖學，並寫了關於她陰道的內容。她說：“下面的洞實在太小了，我簡直無法想像一個男人怎麼能鑽進去的，更不用說一個嬰兒是怎麼鑽出來的了！”
安妮提到的月經，也被她父親刪掉了。比如，“另外，我忘了告訴你一個重要的消息，我可能很快就要來月經了。我能看出來，因為我一直在我的內褲上，發現白色的汙跡。”她還回憶了她和彼得·范·佩爾斯（Peter van Pels）關於男性和女性生殖器名稱的談話。
60多年後，在出版了無刪減內容版本的書之後，一位母親向女兒的學校抱怨說，安妮日記讓她的孩子感到不舒服，而這證實了奧托對日記內容的擔憂。
奧托·弗蘭克在已出版的書中，刪去了安妮對他婚姻的批評
在奧托·弗蘭克（Otto Frank）從第一本出版的書中，遺漏的幾頁紙上，安妮寫下了她對父母的婚姻和她父母之間關係的看法。根據這個家庭的背景故事，奧托無法和他真正愛的女人結婚。由於經濟上的原因，父母的阻止，因此奧托半心半意地娶了安妮的母親伊迪絲。安妮寫道：“對於一個戀愛中的女人來說，要知道她永遠不會在丈夫心中，佔據第一位置是很不容易的，母親也知道。”
雖然安妮承認不知道事情的全部經過，但她父親對母親的態度，給了她線索。她寫道，“他認為她是做他妻子的合適人選。”為了保護伊迪絲和他自己的名譽，奧托有意將這些情緒從書中刪去。
安妮對母親的冷淡，最初被抹去了
奧托·弗蘭克還保留了安妮在第一本印刷的書中，提到母親伊迪絲·弗蘭克的內容，因為並不是很恭維她。安妮明白父母婚姻並不充滿愛，儘管她很欽佩母親毫無怨言地承擔起妻子和母親的角色。安妮承認自己和伊迪絲關係緊張，並聲稱自己和伊迪絲就像和陌生人一樣。因為她的母親似乎和她保持著距離，也很少談論自己，所以安妮從來沒有真正瞭解過，她在世界面前的外表。安妮寫道：
如果她有一個善解人意母親的一面，要麼是溫柔，要麼是善良，要麼是耐心，或者別的什麼，我就會努力接近她。但是，隨著時間的流逝，我發現自己越來越無法愛這冷漠的天性和嘲笑的面孔。
這本書的未刪減版，顯示了安妮真實的聲音
最近從安妮日記中發現的文字表明，她並不像奧托·弗蘭克描述的那樣。安妮的原著中更多的是關於她被迫和其他七個人，躲在一個秘密建築裡，逃避納粹的搜查。安妮日記中的某些段落，可以被解讀為尖刻的批評和憤怒，編輯們將它們從第一版中刪除，以尊重那些提到的人。安妮在那些內容裡，猛烈抨擊她附近的居民，稱他們是“無用的附屬物”。
安妮抱怨自己被取笑，並寫下了自己對父親的真實感受，她說：“父親喜歡談論放屁和上廁所的事，真讓人噁心。”安妮的表姐巴迪·伊萊亞斯（Buddy Elias）對1997年出版的編輯較少的版本，表示贊同，尤其是因為它更多地展現了安妮真實的個性和聲音。
多虧了現代科技，研究人員讀到了安妮寫過的兩頁日記
為了讓安妮日記保持原樣，它們被保存在倉庫裡，每10年才會被移走。在2016年的一次維護中，研究人員在她原來的日記中，發現了兩頁棕色的紙。因為觸摸紙張會使它們更快地分解，所以他們必須等到技術成熟後，才能在不接觸的情況下查看下面的紙張。2018年，他們終於能夠讀到安妮隱藏的文字。
封面上寫著她對“性問題”的看法。研究人員認為，新發現的書頁證明了安妮在語言和早期作家發展方面的實驗。目前還不清楚安妮是試圖向她的鄰居們，隱瞞她所寫的東西，還是為了準備出版而編輯它們。
否認大屠殺的人，謊稱安妮日記是偽造的
自1947年首次出版以來，安妮日記多次遭到攻擊，因為人們認為她的作品，對於一個青少年來說太成熟了。他們質疑某些頁面似乎是用圓珠筆寫的。一些人甚至指責奧托·弗蘭克從零開始創作這本日記，是為了賺錢。
奧托提起了幾起訴訟，其中一些是針對那些聲稱大屠殺從未發生過的人。1979年，奧托評論道：1960年左右，幾次測試證明，日記中的筆跡是安妮的。應國家戰爭文獻研究所和奧托研究所的要求，荷蘭法醫研究所於1980年代，對該日記進行了更仔細的調查。利用法醫技術，他們再次能夠證明這是安妮的筆跡，而且她使用的紙張和墨水也符合那個時期。至於她成熟的寫作風格，安妮很可能是在她寫滿日記的時候，發展成為一名作家的。她最後的作品，展現了之前作品所缺乏的智慧和自我意識。
安妮日記的英文版，被美國出版商拒絕了15次
1952年之前，《安妮日記》以德語、法語和荷蘭語出版，但英文尚未出版。雖然有幾家美國出版商收到了這本書，但他們一直在傳閱。1950年，阿爾弗雷德·a·克諾夫（Alfred a . Knopf）在看了這本書後就拒絕了，因為一位讀者告訴他，這本書“記錄了典型的家庭爭吵、瑣碎的煩惱和青少年的情緒。”
安妮的日記經過了15家不同的美國出版商，直到雙日公司的僱員朱迪斯·瓊斯確保出版。據瓊斯說，這本書讓她感動得流下了眼淚，她無法停止讀下去。從那以後，這本日記出版了56種語言，印刷了3000多萬冊。
把安妮的日記搬上舞台和銀幕，一直備受爭議
20世紀50年代，美國作家梅耶·萊文（Meyer Levin）聯繫奧托·弗蘭克（Otto Frank），請求將他女兒的故事改編成舞台劇。在奧托的同意下，萊文完成了草稿，但百老匯製片人拒絕了。結果，萊文對奧托提起訴訟，但輸了。由於版權法，萊文從未看到他的劇本變成現實。
1955年，奧托允許美國和非猶太作家弗朗西斯·古德里奇（Frances Goodrich）和阿爾伯特·哈克特（Albert Hackett）將安妮的日記改編成劇本。很多人批評他們的作品，更注重商業，而不是原著。這部劇以一種振奮人心的調子結束，許多人認為，這並不能準確地講述安妮的故事。
儘管存在缺陷，該劇還是獲得了普利策獎和托尼獎，1959年還被改編成電影。1997年，安妮·弗蘭克的故事再次登上舞台，16歲的娜塔莉·波特曼主演。當安妮·弗蘭克·方茲（Anne Frank Fonds）支持2014年製作的劇本版本時，劇本被允許引用書中的段落。
弗蘭克一家被捕後，一位家族朋友搶救了安妮的日記
在集中營中倖存下來後，奧托·弗蘭克（Otto Frank）回到阿姆斯特丹，發現自己是集中營中唯一還活著的人。他得知妻子死於奧斯威辛，他的兩個女兒在貝爾根-貝爾森死於斑疹傷寒。米普·吉斯幫助他們在躲藏中，獲得了食物和衣服，她把安妮的日記交給了奧托。她告訴他：“這是你女兒安妮留給你的遺產。”
儘管奧托對將安妮的作品公佈於眾，心存疑慮，但看到女兒真實的一面，他很可能受到了影響。在其他人相信安妮的故事很有影響力的鼓勵下，奧托開始編輯安妮的作品。
