早在2014年底，就有學者分析了數百種現生脊椎動物的基因序列，發現多個與牙齒形成有關的基因在鳥類的基因組中都已丟失或者只剩下「假基因」。於是，他們在此基礎上提出鳥類沒有牙齒是因為它們與牙齒髮育相關的基因發生了突變。
到了2017年，另一批學者提出，牙齒的異時發育（後裔發育的時間和速率與祖先不同而發生演化）退化才是導致早期鳥類牙齒丟失的直接原因。
還有一種觀點認為，鳥類是為了使它們的雛鳥能夠更快地從卵中孵化出來，才放棄了牙齒。研究人員以長有牙齒的爬行動物作為參照進行研究時發現，胚胎髮育出牙齒的過程可以占據全部孵化時間的60%。因此主動放棄牙齒，將會有助於提高鳥類的孵化成功率，對種群的延續具有重要的意義。
古鳥類和小型獸腳類恐龍擁有共同的祖先，它們都具有牙列。但古鳥類牙齒的數量比小型獸腳類恐龍要少，形態和位置上也出現了一些變化，不像肉食性恐龍那樣長著滿口鋒利的「彎鐮刀」。比如屬於基幹鳥類的熱河鳥，牙齒變小、數量變少；而長翼鳥的牙齒雖然相對較彎曲，但是僅在上下頜的最前端存在。
研究人員認為，鳥類牙齒退化的原因很大程度上是因為食性的轉變——從肉食性轉為雜食性，種子、果實以及昆蟲都成了鳥類的「盤中餐」。不用費力撕咬，牙齒就不再是鳥類進食的必要器官。
研究者對包括今鳥類、反鳥類、會鳥、熱河鳥在內的古鳥類牙齒的微結構進行對比觀察和研究後，發現儘管簡單的釉質層在早期古鳥類中都有保留，但牙釉質與牙本質之間的多孔罩牙本質層皆已消失。多孔罩牙本質層被認為是能夠避免肉食性恐龍在掠食過程中牙齒斷裂的特殊避震保護結構，它的消失意味著，鳥類的牙齒不再需要特殊的力學保護結構，間接證實了當時的鳥類在飲食習慣方面與肉食性恐龍產生了極大差異。
