世界不思議

細菌到底是怎麼區分「自我-非我」的?


生物學的一個基本問題是:多細胞生物體內的單個細胞如何通過相互作用完成不同的生理過程?美國懷俄明州大學的研究人員在研究了粘細菌後,提出了類似問題:「來自不同環境的細胞如何相互識別,從而建立社會類群並形成多細胞有機體?」

「粘細菌通過將環境中的細胞拼湊在一起,組成一個多細胞有機體。這與植物和動物截然不同——在植物和動物中,配子融合後只形成一個合子細胞,在不斷複製後,形成一個多細胞有機體,」華盛頓大學分子生物學系教授Dan Wall說,「土壤被認為是地球上最多樣化的環境,其中一個小樣本就能夠包含數以萬計的微生物。因此粘細菌創造多細胞生物的能力是顯著的。總的來說,我們的工作有助於解決這個問題。」

6月22日,Wall等的研究成果以題為「Rapid Diversification of Wild Social Groups Driven by Toxin-Immunity Loci on Mobile Genetic Elements」的論文發表於《國際微生物生態學學會雜誌》(ISMEJ)中。通訊作者Wall說:「我們發現了細胞區分自我和非我的方式。多細胞性是一種很難進化和維持的生命方式,一種細胞為了自身利益,會有選擇性地利用環境和其他細胞。例如,癌細胞通過該方式可以不斷地在宿主身體中繁殖。幸運的是,免疫系統可將癌細胞識別為非我,並將其清除。人體系統正是以類似的方式工作。」

Wall表示,新研究是此前研究的延續。先前的研究表明,在亞物種水平上,即使一小塊土壤都會有很高的微生物多樣性。在粘細菌分離株中,有許多不同的社會類群,亞種之間可以相互識別。然而,先前的研究並沒有闡明它是如何區分彼此的。Wall說:「我們在新論文中探討了粘細菌如何辨別環境中的細菌,以及高度相關的菌株如何分化或進化成不同的社會類群。」

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這篇ISMEJ論文也借鑑了Christopher Vassallo和Wall於2019年在《國家科學院院刊》(PNAS)發表的論文。Vassallo等在論文中稱,粘細菌表達一種高度可變的細胞表面受體TraA。不同種細胞的TraA受體含有許多不同的序列或等位基因,細胞可以利用該受體識別其他細胞。如果其他細胞有相同的TraA受體,它們就會相互作用,導致細胞瞬間融合,並且交換蛋白質和脂質等細胞成分(DNA除外)。

交換的物質中含有高度可變的毒素蛋白。因此,如果其他細胞屬於「自我」,它們對這些毒素具有基因編碼免疫。如果它們是不同種細胞,並且碰巧有相容的TraA受體,就會被毒素殺死。在PNAS論文中,Vassallo和Wall發現了通過TraA識別和交換傳遞的六種不同的毒素家族。在粘細菌基因組中,這些毒素家族的多樣性和豐度都很高。

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Wall說:「我們希望驗證PNAS論文中的預測。我們分析了這22種粘細菌菌株的公開基因組,鑑定了毒素基因,並預測了它們在細胞識別方面的作用。我們發現,預測和其他人的實證結果之間有著極大的相關性。隨後,我們通過創造突變體對預測進行了實驗測試,發現可以通過滅活轉移毒素,使得原本相互拮抗的菌株之間『和諧相處』。」

除了TraA傳遞/辨別系統外,Wall等還發現VI型分泌系統(T6SS)和重排熱點(RHS)也參與了細胞識別。T6SS是一種將毒素轉移到鄰近細胞的分子注射裝置。如果鄰近細胞是「自己人」,它們會有免疫力;如果不是,它們會中毒。T6SS廣泛分布於許多不同類型的細菌中。RHS系統對研究人員來講還比較陌生,但它也屬於「納米武器」。

研究小組還發現,關鍵的鑑別毒素基因存在於染色體的轉位因子上。也就是說,由毒素介導的環境中基因水平轉移會導致高度相關的菌株出現分化。

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