古人相當重視自己的「身後事」，明朝開國皇帝朱元璋登基後，在現今的江蘇省盱眙縣，為其高祖父（玄皇帝）、曾祖父（恆皇帝）修建衣冠塚，該地也是朱元璋祖父朱初一（裕皇帝）的實際埋葬地，是為「明祖陵」。不過因為地處低窪，加上洪水氾濫，直到清康熙19年（西元1680年），明祖陵最終被洪水吞沒，直到近300年後，這座世界唯一的水下皇陵才因乾旱而重見天日。
朱元璋建立明朝後，於洪武19年（西元1386年）修建明祖陵，前後歷時近30年，營建時間之長、體制之宏偉，在諸代明陵中名列前茅。不過明祖陵雖然華麗雄偉，但卻位處於低漥地區，隨著河道紊亂，淮河中、下游連年洪水泛濫，明祖陵不斷遭受水患。
儘管後人不斷增修堤防，到了清康熙19年（公元1680年），明祖陵終於敵不過洪水，地上建築悉數被吞沒，成為全國僅有的水下皇陵。不過也因為當年洪水肆虐，這座皇陵才能保留無缺，免遭盜掘。
西元1966年，恰逢洪澤湖的枯水時節，隨著湖水位下降，皇陵遺址逐漸露出水面，埋藏在水底近300年的明祖陵才得以重見天日，不過皇陵中的木質結構已經腐爛，唯有一些石質構造保存下來。2011年5月以來江淮一帶遭逢大旱，洪澤湖水位連續下降已近死水位，明祖陵9個拱門、拱下的橫樑和甬道頂端大部分深埋在潭底淤泥下，僅露出一個輪廓，當局考慮到文物出土後的保護問題，為了確保地宮內的文物不被氧化風化，隨後灌水淹沒，明祖陵地宮又重歸水下。
