新冠肺炎確診者多數兩週內就從急性感染康復，但病毒一部分並不會立刻消失，現在住院患者大型研究表明，確診者在主要症狀消失後數週到數月，部分患者仍會攜帶殘餘病毒。
研究顯示，當新冠病毒在人體停留超過 14 天，確診者病情可能加重，出現精神錯亂或延長住院時間，甚至與迅速清除病毒的患者比較，死亡風險更高。據估計，美國現在有 770 萬到 2,300 萬人受新冠長期症狀影響，稱為「Long COVID」（長新冠）。
確診者若沒有接種疫苗或之前感染帶來的免疫力，那新冠病毒就會全身複製，並透過鼻子、嘴和腸道傳播，但大部分確診者病毒在最初感染 3~6 天達高峰，免疫系統會在 10 天內清除病原體，這段時間後排出的病毒不具傳染性。
西北大學費恩伯格醫學院神經學家 Ayush Batra 表示，即使考慮到疾病的嚴重程度，無論患者是否插管或有潛在疾病，研究都表明，PCR 檢測結果持續呈現陽性的確診者，可能會出現更嚴重的病情。
未參與這項研究的加州大學舊金山分校的病毒學家和免疫學家 Timothy Henrich 表示，Batra 的研究表明，確診者若有長期症狀，可能會因病毒導致更嚴重的病情，但研究沒有調查持續存在的病毒，是否直接導致新冠長期症狀。
史丹佛醫療中心醫師 Linda Geng 表示，關於導致新冠長期症狀的原因有多種假設，包括病毒持續存活，且可能有多種因素影響，但可能每人嚴重程度不一。Linda Geng 是新冠急性後綜合症狀診所聯合主管，診所專門治療新冠長期症狀。
Batra 團隊觀察，某些返回醫院的確診者感染初期 4~5 週後，病毒檢測仍呈陽性，於是團隊開始進行相關研究，分析 2,518 名新冠患者，最初確診兩週 42% 患者 PCR 依然呈陽性，甚至 90 多天後 12% 患者呈陽性，269 天後有一名患者陽性。
研究人員表示，即使沒有明顯症狀的新冠患者，也會在幾個月乃至更長時間攜帶新冠病毒，一些免疫功能低下的患者，這病毒可能一年內都不會被清除。史丹佛大學慢性新冠感染試驗，4% 新冠患者確診 7 個月後，糞便仍有病毒遺傳物質（RNA）。
持續排出 RNA 意味體內仍有病毒庫，神經學家 Michael VanElzakker 表示，與麻省綜合醫院、哈佛醫學院和塔夫茲大學都有聯繫，這些病毒庫會讓病毒持續存活很長時間，並引起免疫系統行為異常，可能導致新冠長期症狀。
Batra 指出，由於各種原因，一些患者無法清除病毒庫，或免疫系統出現異常反應，最終導致持續症狀，也就是新冠長期症狀，但很多科學家認為，沒有足夠證據把病毒 RNA 持續存活與新冠長期症狀連在一起。
多項研究顯示，感染 4 個月後患者腸道、痊癒 100 多天後去世的遺體捐獻者肺部，都發現病毒或病毒遺傳物質，未經同行評審的研究發現，感染 175 天和 462 天患者闌尾和乳房組織都發現病毒。
美國國家衛生研究院未經同行評審的研究發現，新冠病毒的遺傳物質在多器官以低程度存活 7 個多月，但血液檢測不到。
東京大學病毒學家 Kei Sato 表示，發現活在人體組織的病毒並不奇怪，研究顯示，人體經常積累病毒，如第四型人類皰疹病毒（Epstein-Barr）、水痘帶狀皰疹病毒和許多處於沈睡狀態的皰疹病毒，這些持續存活的病毒，只有大範圍基因測序能辨識。
這代表證明或駁斥新冠病毒持續存活且與新冠長期症狀有關非常複雜，如感染水痘幾十年後，潛伏的帶狀皰疹病毒可能重新驅動，留在人體的新冠病毒也可能造成長期健康問題。Henrich 認為病毒潛入深層組織，可能會引起免疫系統失調造成發炎狀態。
VanElzakker 認為，這種狀態證明病毒可能長期存活，且與身體達成不穩定的休戰，儘管如此，但 Geng 認為，把滯留人體的病毒與新冠長期症狀連在一起，還需經廣泛研究，因目前提出的發生機制，還沒有辦法得出強力的結論。
據 Geng 和 Henrich 團隊初步研究報告顯示，確診者接受輝瑞的新冠口服抗病毒藥物 Paxlovid 治療後，新冠長期症狀有改善，因 Paxlovid 可阻止病毒複製，這也是為什麼部分專家認為 Paxlovid 能清除殘留病毒，但 Geng 和 Henrich 都提醒，使用 Paxlovid 要謹慎。
Geng 表示，Paxlovid 在治療新冠長期症狀作用方面有些有趣的假設，但需進一步研究和臨床試驗得到結論，美國食品藥物管理局就警告，Paxlovid 適用發病五天內的輕中症確診者、有重症風險因子的成人，並確實完成完整五天療程，未正確服用可能會影響治療效果。
美國總統拜登指示衛生與公共服務部部長制定，針對新冠長期症狀的國家行動計畫，因此美國國家衛生研究院已啓動研究，目的是瞭解、預防和治療與新冠有關的長期健康影響。證據表明，新冠疫苗不僅能繼續預防重症，還能預防很多新冠長期症狀。
一項最新研究比較 150 萬名未接種新冠疫苗者和 25,225 名接種疫苗的突破性感染者，發現疫苗大大降低感染 28 天後出現新冠長期症狀的風險，感染後 90 天內疫苗能發揮更大保護作用。
Henrich 強調，雖然大多數人不會出現新冠長期症狀，但很難說是否有一定風險，且感染初期的 10 天，確定新冠病毒不會停下來，強烈呼籲民眾，不把新冠肺炎當一回事，就是不把自己的健康當一回事。
